Il progetto è caratterizzato da quattro punti fondamentali:
1. "Star bene in salute, concetto che non significa solo assenza di malattie fisiche, ma, più in generale, coinvolge gli aspetti psicologici e sociali della vita.
2. L’educazione alla salute non intesa come impegno aggiuntivo, ma integrata nel normale svolgimento dei piani di studio.
3. E’ un progetto "aperto", e si arricchisce di altre iniziative come il progetto Stigma mentale, che si propone di combattere la cultura del pregiudizio contro la malattia mentale. Il progetto Stigma è rivolto soprattutto agli studenti degli ultimi tre anni di liceo e degli istituti tecnici e professionali e affronterà il problema della malattia mentale dal punto di vista storico filosofico, sociologico e antropologico.
4.Consolida il valore costituzionale dell’autonomia delle istituzioni scolastiche e dei soggetti dell’educazione.
La valutazione dell’efficacia di "Missione Salute" è affidata all’Invalsi (Istituto per la Valutazione del Sistema dell’Istruzione) e per quest’anno è rivolto agli studenti del biennio delle scuole secondarie superiori.
Dichiara il Ministro: "L’impegno della scuola è formare giovani ricchi di conoscenze certe ed affidabili, con opinioni libere, autonome, responsabili e capaci di renderli protagonisti del loro futuro. Il progetto Missione Salute, nella sua peculiarità di educazione alla salute, comprende non soltanto il rigore dell’informazione scientifica sui vari temi che lo compongono, ma anche gli stimoli culturali, per giungere ad un confronto con le dimensioni etiche, psicologiche e sociali che li contraddistinguono. E’ questo, del resto, lo spirito originario dell’antica medicina ippocratica che, com’è noto, riconobbe nell’equilibrio armonico tra uomo-ambiente naturale e sociale, il principale fattore dello stato di salute di ogni persona. Ai fini dell’educazione alla salute, in particolare per gli adolescenti, è necessario richiamare i giovani alla libertà e alla responsabilità delle proprie scelte, senza sconti sull’uno e sull’altro versante. Si tratta, però, di sostenere questo richiamo con il confronto, la critica, l’esempio, il dialogo.Nessun giovane, infatti, può essere educato a scegliere in libertà e responsabilità se non è aiutato dagli adulti, dalla famiglia e dagli educatori, che testimoniano la possibilità di mettere sempre insieme con coerenza il rispetto dei valori, la scienza e la vita, facendosi carico del disagio e della sofferenza che spesso provano e avvertono negli altri".
